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临床应用：为治疗虚寒胃痛、腹痛、胁痛、疝痛的常用药。

1、用于治疗虚寒胃痛。嗳酸、干呕吐涎、手足冷而苔白脉迟（如慢性胃炎、或溃疡痛），常配干姜祛寒，党参益胃阳，方如吴茱萸汤。如虚寒更甚，干呕不止者，须用吴萸（炮炒）和炮姜等分研末冲服或水煎温服。

2、用于治疗胁痛以及肝胃不和。如偏于热，有右胁疼痛、呕吐吞酸、口苦舌红、脉弦数，甚或食后即痛（以上情况常见于胃及十二指肠溃疡病合并溃疡周围炎、胃炎等），可用吴萸配苦寒药，如川连（即左金丸），再随证加减。

此外，吴萸又常用以配橘核治疝痛，佐补骨脂等治脾肾虚寒所致的“五更泻”，佐四物汤等治虚寒经痛（月经不调，并有小腹冷痛）。又吴茱萸汤配当归、肉桂可治虚寒头痛。外用以吴萸妙盐热敷腹部可治腹部气胀；以吴萸末醋调敷足心治小儿口舌生疮而致的口角流涎，都有一定疗效。

使用注意：本品大热，内火盛者不宜用，孕妇慎用。

处方举例：吴茱萸汤（《伤寒论》）：吴萸6g，生姜15g（或干姜6g），党参12g，大枣5枚，水煎服。

注：贵州省铜仁镇远一带产者，过云集散在湖南常德习称吴芋，粒子均匀，很少开裂，色碧绿，气味浓烈，质量最好。四川，陕西产者称川吴芋，粒较吴芋大，色较黑褐，有的顶端开裂，气味稍差。质量稍次。以子粒饮满，香气浓，坚实，匀净，无枝梗杂质者为佳。