明代，明太祖出身僧侣。明代南倭寇侵扰，总制胡宗宪亦用少林寺僧兵抵御外侵。（《豫乘识小录》）抗倭名将俞大猷也曾到少林寺传授棍术，各显神通。少林月空和尚率僧兵赴东南抗倭，自备军中急救良药，如少林行军散、八珍丹。少林出名僧医有智正、智谆。智正收集明以前寺院有效秘方，编著了《少林寺秘方》，墨本秘不外传。明嘉靖二年(1523年)，异远真人经过多年的民间搜集整理出《跌损妙方》一书，少林伤科的真传秘方为世人所知，填补了跌打穴伤在伤科学上的空白，也为后世穴伤诊治的发展奠定了基础。异远真人成为少林伤科之始祖，其后众多伤科学家皆宗其说，从而形成少林伤科学派，是中国骨伤最有特色的流派之一。
自北魏至明清，少林寺屡经敕建，遍布南北，数达10余座。明末清初，福建少林寺成为反清复明的秘密基地，屡遭清廷镇压，寺院被焚烧，佛教门徒四处逃散，从而分布大江南北，自立门户，广收徒弟，少林武术、伤科在民间发展。这时期，伤科秘方著述传抄甚多，其法多宗少林伤科，师承有异，有所发挥而分支。出名僧医有字宽;湛举，湛化、南洲、本园、也然、毛公、太双、梅亭等。湛举、湛化两位僧医进一步补充，完善整理少林寺伤科秘方为《少林跌打损伤秘方》，制成木刻版，藏于法堂，但后被焚。南洲和尚师承宏达祖师，再传张梅亭、春亭，擅长正骨术，《伤科汇篡》收录其整复肩关脱位的心法经验。本园僧医(公元772-?)收集编著《汇集金鉴》2卷，其中有伤科方。了然僧尼(公元1796-1820)精于武，通于骨伤。少林寺毛公著《五论图》少林寺法莲仙师太双著《跌打损伤方》。清代嘉、道（公元1796-1850年）鄞县（今浙江宁波）人，伤科医家，拳术技击家，著有《秘传伤科集验良方》一卷，但未刊世，部分保留在《旧伤秘旨》中，反映出王氏对薛生白治伤从脾胃论治学术思想是赞同的。清胡廷光编著《伤科汇篡》（1815年）辑录其祖传抄本《陈氏秘传》，冠以“少林寺秘传”，实为异远真人处方的加减，江孝卿1840年著(江氏伤科)，赵廷海1851年著《救伤秘旨》均异远真人学说的演进。
清末以后期间，出名僧医有淳济、寝勤、贞后、侦绪、恒林、妙月。民国年间，卢俊善武精医，著《少林秘真球囊》，妙月(公元1883-1944年)任泉州祟福寺主持，以寺行医，擅长跌打损伤。此外清还有设有撰著者的撰述《少林寺伤科秘方》、《少林真传伤科秘方》、《少林寺跌打损伤验全方》。民间有《少林寺12时辰12穴秘方》、《少林寺军阵伤科秘传》、《少林寺存下班中跌打妇科万应方》等流传。以上文献为我们研究少林伤科提供了宝贵的资料。20世纪80年代，少林寺成立少林拳谱编写委员会，少林寺第36世住持德禅法师将自己六七十年的临床经验，结合寺院僧医的验方、秘方、单方，传授给畈衣弟子德虔，先后整理，编著了《少林寺秘方集锦》、《少林寺伤科秘方》、《少林点穴法》等书，将少林秘藏公布于世，惠国利民。这是少林寺僧医伤科的结晶。从中可领略少林寺伤科的治疗水平概况，了解少林寺伤科治疗特色。
